Son instancias creadas por el Consejo para el logro de los objetivos propuestos y su correcto funcionamiento. 

Los órganos auxiliares son:

Centro de Capacitación Judicial para Centroamérica y el Caribe y  la comisión Centroamericana, del Caribe para el Acceso a la Justicia de las personas en condición de vulnerabilidad, coordinación rotativa. Coordinada actualmente por el país de Panamá.